Organisasi Penjaminan Mutu ULM terdiri dari Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) di tingkat universitas, Unit Penjaminan Mutu (UPM) di tingkat fakultas dan Gugus Penjaminan Mutu (GPM) di tingkat program studi. Unit Penjaminan Mutu Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan ULM terdiri atas ketua Gugus Penjaminan Mutu, dan anggota-anggota yang terdiri atas perwakilan dosen di program studi yang bersangkutan, yang ditetapkan melalui SK Dekan Nomor 5231/UN8.1.27/PJ/2023.